xəbərlər

Son on ildə gen ardıcıllığı texnologiyası xərçəng tədqiqatlarında və klinik praktikada geniş şəkildə istifadə edilərək xərçəngin molekulyar xüsusiyyətlərini aşkar etmək üçün mühüm vasitəyə çevrilmişdir. Molekulyar diaqnostika və məqsədyönlü terapiya sahəsində irəliləyişlər şişin dəqiq terapiyası konsepsiyalarının inkişafına təkan verdi və şiş diaqnostikası və müalicəsinin bütün sahəsinə böyük dəyişikliklər gətirdi. Genetik test xərçəng riskini xəbərdar etmək, müalicə qərarlarına rəhbərlik etmək və proqnozu qiymətləndirmək üçün istifadə edilə bilər və xəstənin klinik nəticələrini yaxşılaşdırmaq üçün vacib bir vasitədir. Burada xərçəng diaqnozu və müalicəsində genetik testin tətbiqini nəzərdən keçirmək üçün CA Cancer J Clin, JCO, Ann Oncol və digər jurnallarda dərc olunmuş son məqalələri ümumiləşdiririk.

Somatik mutasiyalar və germline mutasiyalar. Ümumiyyətlə, xərçəng valideynlərdən miras alına bilən (germline mutasiyalar) və ya yaşla (somatik mutasiyalar) əldə edilən DNT mutasiyalarından qaynaqlanır. Germ xətti mutasiyaları doğuşdan mövcuddur və mutator adətən bədəndəki hər hüceyrənin DNT-sindəki mutasiyanı daşıyır və nəsillərə ötürülə bilər. Somatik mutasiyalar qeyri-gametik hüceyrələrdə olan fərdlər tərəfindən əldə edilir və adətən nəsillərə ötürülmür. Həm germline, həm də somatik mutasiyalar hüceyrələrin normal funksional fəaliyyətini məhv edə və hüceyrələrin bədxassəli transformasiyasına səbəb ola bilər. Somatik mutasiyalar bədxassəli şişlərin əsas sürücüsü və onkologiyada ən proqnozlaşdırıcı biomarkerdir; bununla belə, şiş xəstələrinin təxminən 10-20 faizi xərçəng riskini əhəmiyyətli dərəcədə artıran germline mutasiyaları daşıyır və bu mutasiyaların bəziləri də terapevtikdir.
Sürücü mutasiyası və sərnişin mutasiyası. Bütün DNT variantları hüceyrə funksiyasına təsir etmir; Normal hüceyrə degenerasiyasını tetiklemek üçün orta hesabla “sürücü mutasiyaları” kimi tanınan beş-on genomik hadisə lazımdır. Sürücü mutasiyaları tez-tez hüceyrə böyüməsinin tənzimlənməsində, DNT təmirində, hüceyrə dövrünə nəzarətdə və digər həyat proseslərində iştirak edən genlər kimi hüceyrə həyatı fəaliyyətləri ilə yaxından əlaqəli genlərdə baş verir və terapevtik hədəflər kimi istifadə olunmaq potensialına malikdir. Bununla belə, hər hansı bir xərçəngdə mutasiyaların ümumi sayı kifayət qədər böyükdür, bəzi döş xərçənglərində bir neçə mindən, bəzi yüksək dəyişkən kolorektal və endometrium xərçənglərində 100.000-dən çox olur. Əksər mutasiyaların bioloji əhəmiyyəti yoxdur və ya məhduddur, hətta mutasiya kodlaşdırma bölgəsində baş versə belə, belə əhəmiyyətsiz mutasiya hadisələri “sərnişin mutasiyaları” adlanır. Müəyyən bir şiş tipində olan bir gen variantı onun müalicəyə reaksiyasını və ya müqavimətini proqnozlaşdırırsa, bu variant klinik cəhətdən işlək hesab olunur.
Onkogenlər və şiş bastırıcı genlər. Xərçəngdə tez-tez mutasiyaya uğrayan genləri təqribən iki kateqoriyaya bölmək olar, onkogenlər və şiş bastırıcı genlər. Normal hüceyrələrdə onkogenlər tərəfindən kodlanan zülal əsasən hüceyrə proliferasiyasını təşviq etmək və hüceyrə apoptozunu maneə törətmək rolunu oynayır, onkosupressor genlər tərəfindən kodlanan zülal isə normal hüceyrə funksiyasını saxlamaq üçün əsasən hüceyrə bölünməsini mənfi tənzimləməkdən məsuldur. Bədxassəli transformasiya prosesində genomik mutasiya onkogen aktivliyinin artmasına və onkosupressor gen aktivliyinin azalmasına və ya itməsinə səbəb olur.
Kiçik variasiya və struktur dəyişikliyi. Bunlar genomdakı iki əsas mutasiya növüdür. Kiçik variantlar DNT-ni dəyişdirərək, silməklə və ya az sayda baza əlavə etməklə, o cümlədən bazanın daxil edilməsi, silinməsi, çərçivənin dəyişdirilməsi, kodon itkisinin başlaması, kodon itkisi mutasiyalarının dayandırılması və s. ilə DNT-ni dəyişir. Struktur variasiya bir neçə min bazadan ölçüsünə qədər dəyişən gen seqmentlərini, xromosom sayının dəyişməsi, xromosom sayı dəyişiklikləri, xromosom sayı dəyişiklikləri də daxil olmaqla, genomun itkisini dayandırmaq və s. dublikasiya, inversiya və ya translokasiya. Bu mutasiyalar protein funksiyasının azalmasına və ya artmasına səbəb ola bilər. Fərdi genlər səviyyəsində dəyişikliklərə əlavə olaraq, genomik imzalar da klinik ardıcıllıq hesabatlarının bir hissəsidir. Genomik imzalar, şiş mutasiya yükü (TMB), mikrosatellit qeyri-sabitliyi (MSI) və homoloji rekombinasiya qüsurları da daxil olmaqla kiçik və/yaxud struktur dəyişikliklərin mürəkkəb nümunələri kimi görünə bilər.

Klonal mutasiya və subklonal mutasiya. Klonal mutasiyalar bütün şiş hüceyrələrində mövcuddur, diaqnoz zamanı mövcuddur və müalicə irəliləyişlərindən sonra da mövcuddur. Buna görə də, klonal mutasiyalar şişin terapevtik hədəfləri kimi istifadə oluna bilər. Subklonal mutasiyalar yalnız xərçəng hüceyrələrinin bir hissəsində mövcuddur və diaqnozun əvvəlində aşkar edilə bilər, lakin sonrakı təkrarlanma ilə yox olur və ya yalnız müalicədən sonra görünür. Xərçəng heterojenliyi bir xərçəngdə çoxlu subklonal mutasiyaların mövcudluğuna aiddir. Qeyd edək ki, bütün ümumi xərçəng növlərində klinik cəhətdən əhəmiyyətli sürücü mutasiyalarının böyük əksəriyyəti klonal mutasiyalardır və xərçəngin inkişafı boyunca sabit qalır. Çox vaxt subklonların vasitəçilik etdiyi müqavimət, diaqnoz zamanı aşkar olunmaya bilər, lakin müalicədən sonra təkrarlananda ortaya çıxır.

Ənənəvi texnika FISH və ya hüceyrə karyotipi xromosom səviyyəsində dəyişiklikləri aşkar etmək üçün istifadə olunur. FISH gen birləşmələrini, silinmələri və gücləndirmələri aşkar etmək üçün istifadə edilə bilər və yüksək dəqiqlik və həssaslıqla, lakin məhdud ötürmə qabiliyyəti ilə bu cür variantları aşkar etmək üçün "qızıl standart" hesab olunur. Bəzi hematoloji bədxassəli şişlərdə, xüsusən də kəskin leykemiyada, karyotipləşdirmə hələ də diaqnoz və proqnoza rəhbərlik etmək üçün istifadə olunur, lakin bu üsul tədricən FISH, WGS və NGS kimi hədəf molekulyar analizlərlə əvəz olunur.
Fərdi genlərdəki dəyişikliklər həm real vaxt PCR, həm də rəqəmsal düşmə PCR ilə PCR ilə aşkar edilə bilər. Bu üsullar yüksək həssaslığa malikdir, xüsusilə kiçik qalıq lezyonların aşkarlanması və monitorinqi üçün əlverişlidir və nisbətən qısa müddətdə nəticə əldə edə bilir, çatışmazlıq aşkarlama diapazonunun məhdud olmasıdır (adətən yalnız bir və ya bir neçə gendə mutasiyaları aşkar edir) və çoxsaylı testlər aparmaq imkanı məhduddur.
İmmunohistokimya (IHC) ERBB2 (HER2) və estrogen reseptorları kimi biomarkerlərin ifadəsini aşkar etmək üçün geniş istifadə olunan protein əsaslı monitorinq vasitəsidir. IHC həmçinin spesifik mutasiyaya uğramış zülalları (məsələn, BRAF V600E) və spesifik gen birləşmələrini (ALK birləşmələri kimi) aşkar etmək üçün də istifadə edilə bilər. IHC-nin üstünlüyü ondan ibarətdir ki, o, adi toxuma analizi prosesinə asanlıqla inteqrasiya oluna bilər, buna görə də digər testlərlə birləşdirilə bilər. Bundan əlavə, IHC subcellular protein lokalizasiyası haqqında məlumat verə bilər. Dezavantajlar məhdud miqyaslılıq və yüksək təşkilati tələblərdir.
İkinci nəsil ardıcıllıq (NGS) NGS DNT və/yaxud RNT səviyyəsində variasiyaları aşkar etmək üçün yüksək məhsuldarlığa malik paralel ardıcıllıq üsullarından istifadə edir. Bu texnika həm bütün genomu (WGS), həm də maraq doğuran gen bölgələrini ardıcıllaşdırmaq üçün istifadə edilə bilər. WGS ən əhatəli genomik mutasiya məlumatını təqdim edir, lakin onun klinik tətbiqi üçün bir çox maneələr var, o cümlədən təzə şiş toxuması nümunələrinə ehtiyac (WGS hələ formalinlə immobilizasiya olunmuş nümunələri təhlil etmək üçün uyğun deyil) və yüksək qiymət.
Hədəflənmiş NGS ardıcıllığına bütün ekson ardıcıllığı və hədəf gen paneli daxildir. Bu testlər maraq dairələrini DNT zondları və ya PCR amplifikasiyası ilə zənginləşdirir və bununla da tələb olunan ardıcıllığın miqdarını məhdudlaşdırır (bütün ekzoma genomun 1-2 faizini təşkil edir və hətta 500 gendən ibarət böyük panellər genomun yalnız 0,1 faizini təşkil edir). Bütün ekzon ardıcıllığı formalinlə sabitlənmiş toxumalarda yaxşı performans göstərsə də, onun dəyəri yüksək olaraq qalır. Hədəf gen birləşmələri nisbətən qənaətcildir və sınaqdan keçiriləcək genlərin seçilməsində çevikliyə imkan verir. Bundan əlavə, dövran edən sərbəst DNT (cfDNA), maye biopsiya kimi tanınan xərçəng xəstələrinin genomik analizi üçün yeni bir seçim kimi ortaya çıxır. Həm xərçəng hüceyrələri, həm də normal hüceyrələr DNT-ni qan dövranına buraxa bilər və xərçəng hüceyrələrindən tökülən DNT, şiş hüceyrələrində potensial mutasiyaları aşkar etmək üçün analiz edilə bilən dövran edən şiş DNT (ctDNA) adlanır.
Testin seçimi həll edilməli olan xüsusi klinik problemdən asılıdır. Təsdiq edilmiş müalicələrlə əlaqəli biomarkerlərin əksəriyyəti FISH, IHC və PCR üsulları ilə aşkar edilə bilər. Bu üsullar az miqdarda biomarkerlərin aşkarlanması üçün məqsədəuyğundur, lakin onlar artan ötürmə qabiliyyəti ilə aşkarlamanın effektivliyini artırmır və həddindən artıq çox biomarker aşkar edilərsə, aşkar etmək üçün kifayət qədər toxuma olmaya bilər. Ağciyər xərçəngi kimi bəzi spesifik xərçənglərdə, toxuma nümunələrinin əldə edilməsinin çətin olduğu və sınanmaq üçün çoxlu biomarkerlərin olduğu hallarda NGS istifadə etmək daha yaxşı seçimdir. Yekun olaraq, təhlilin seçimi hər bir xəstə üçün yoxlanılacaq biomarkerlərin sayından və biomarker üçün yoxlanılacaq xəstələrin sayından asılıdır. Bəzi hallarda, IHC/FISH-in istifadəsi, xüsusilə də döş xərçəngi xəstələrində estrogen reseptorlarının, progesteron reseptorlarının və ERBB2-nin aşkarlanması kimi hədəf müəyyən edildikdə kifayətdir. Genomik mutasiyaların daha hərtərəfli tədqiqi və potensial terapevtik hədəflərin axtarışı tələb olunarsa, NGS daha mütəşəkkil və qənaətcildir. Bundan əlavə, NGS IHC/FISH nəticələrinin qeyri-müəyyən və ya qeyri-müəyyən olduğu hallarda nəzərdən keçirilə bilər.

Fərqli təlimatlar hansı xəstələrin genetik test üçün uyğun olması barədə təlimat verir. 2020-ci ildə ESMO Precision Medicine İşçi Qrupu inkişaf etmiş qeyri-skuamöz kiçik hüceyrəli olmayan ağciyər xərçəngi, prostat xərçəngi, kolorektal xərçəng, öd kanalı xərçəngi və yumurtalıq xərçəngi şişi nümunələri üçün müntəzəm NGS testini tövsiyə edərək, inkişaf etmiş xərçəng xəstələri üçün ilk NGS test tövsiyələrini verdi və bu əsasda ESMO24-də yenilənməsini tövsiyə etdi. döş xərçəngi və nadir şişlər. Mədə-bağırsaq stromal şişləri, sarkomalar, tiroid xərçəngləri və mənşəyi bilinməyən xərçənglər kimi.
2022-ci ildə ASCO-nun metastatik və ya irəliləmiş xərçəngi olan xəstələrdə somatik genom testinə dair Klinik Rəyində deyilir ki, metastatik və ya irəliləmiş bərk şişləri olan xəstələrdə biomarkerlə əlaqəli terapiya təsdiq olunarsa, bu xəstələr üçün genetik test tövsiyə olunur. Məsələn, BRAF V600E mutasiyalarının skrininqi üçün metastatik melanoma olan xəstələrdə genomik test aparılmalıdır, çünki RAF və MEK inhibitorları bu göstərici üçün təsdiq edilmişdir. Bundan əlavə, xəstəyə veriləcək dərman üçün aydın müqavimət göstəricisi olduqda, genetik test də aparılmalıdır. Məsələn, Egfrmab KRAS mutant kolorektal xərçəngdə təsirsizdir. Xəstənin gen ardıcıllığına uyğunluğu nəzərdən keçirilərkən, xəstənin fiziki vəziyyəti, müşayiət olunan xəstəliklər və şiş mərhələsi birləşdirilməlidir, çünki genom ardıcıllığı üçün tələb olunan addımlar silsiləsi, o cümlədən xəstənin razılığı, laboratoriyada işlənməsi və ardıcıllığın nəticələrinin təhlili xəstənin adekvat fiziki qabiliyyətinə və gözlənilən ömür uzunluğuna malik olmasını tələb edir.
Somatik mutasiyalarla yanaşı, bəzi xərçənglər də germline genləri üçün sınaqdan keçirilməlidir. Mikrob xətti mutasiyalarının yoxlanılması döş, yumurtalıq, prostat və mədəaltı vəzi xərçənglərində BRCA1 və BRCA2 mutasiyaları kimi xərçənglərin müalicə qərarlarına təsir göstərə bilər. Germline mutasiyaları xəstələrdə gələcək xərçəng skrininqi və qarşısının alınması üçün də təsir göstərə bilər. Cücərmə xətti mutasiyalarını yoxlamaq üçün potensial olaraq uyğun olan xəstələr, xərçəngin ailə tarixi, diaqnoz qoyulma yaşı və xərçəng növü kimi amilləri əhatə edən müəyyən şərtlərə cavab verməlidirlər. Bununla belə, mikrob xəttində patogen mutasiyaları daşıyan bir çox xəstələr (50%-ə qədər) ailə tarixinə əsaslanan mikrob xətti mutasiyalarının yoxlanılması üçün ənənəvi meyarlara cavab vermir. Buna görə də, mutasiya daşıyıcılarının identifikasiyasını maksimum dərəcədə artırmaq üçün Milli Kompleks Xərçəng Şəbəkəsi (NCCN) döş, yumurtalıq, endometrium, mədəaltı vəzi, kolorektal və ya prostat xərçəngi olan bütün və ya əksər xəstələrin mikrob xətti mutasiyaları üçün sınaqdan keçirilməsini tövsiyə edir.
Genetik testin vaxtına gəldikdə, klinik cəhətdən əhəmiyyətli sürücü mutasiyalarının böyük əksəriyyəti klonal və xərçəngin inkişafı zamanı nisbətən sabit olduğundan, inkişaf etmiş xərçəng diaqnozu zamanı xəstələrdə genetik testin aparılması məqsədəuyğundur. Sonrakı genetik testlər üçün, xüsusən molekulyar hədəflənmiş terapiyadan sonra, ctDNA testi şiş toxuması DNT-dən daha sərfəlidir, çünki qan DNT-si bütün şiş lezyonlarından DNT-ni ehtiva edə bilər ki, bu da şişin heterojenliyi haqqında məlumat əldə etmək üçün daha əlverişlidir.
Müalicədən sonra ctDNA-nın təhlili şişin müalicəyə reaksiyasını proqnozlaşdıra və xəstəliyin gedişatını standart görüntüləmə üsullarından daha erkən müəyyən edə bilər. Bununla belə, müalicə qərarlarını istiqamətləndirmək üçün bu məlumatlardan istifadə üçün protokollar müəyyən edilməmişdir və klinik sınaqlar istisna olmaqla, ctDNA analizi tövsiyə edilmir. ctDNA radikal şiş əməliyyatından sonra kiçik qalıq lezyonları qiymətləndirmək üçün də istifadə edilə bilər. Əməliyyatdan sonra ctDNA testi xəstəliyin sonrakı gedişatının güclü proqnozlaşdırıcısıdır və xəstənin adyuvant kimyaterapiyadan fayda əldə edib-etməyəcəyini müəyyən etməyə kömək edə bilər, lakin adjuvant kimyaterapiya qərarlarına rəhbərlik etmək üçün ctDNA-nın klinik sınaqlardan kənarda istifadəsi hələ də tövsiyə edilmir.

Məlumatların işlənməsi Genom ardıcıllığının ilk addımı xəstə nümunələrindən DNT çıxarmaq, kitabxanalar hazırlamaq və xam ardıcıllıq məlumatlarını yaratmaqdır. Xam verilənlər daha çox emal tələb edir, o cümlədən aşağı keyfiyyətli məlumatların süzgəcdən keçirilməsi, onların istinad genomu ilə müqayisəsi, müxtəlif analitik alqoritmlər vasitəsilə müxtəlif növ mutasiyaların müəyyən edilməsi, bu mutasiyaların zülalların tərcüməsinə təsirinin müəyyən edilməsi və mikrob xətti mutasiyalarının süzülməsi.
Sürücü gen annotasiyası sürücü və sərnişin mutasiyalarını ayırd etmək üçün nəzərdə tutulub. Sürücü mutasiyaları şiş bastırıcı gen aktivliyinin itirilməsinə və ya artmasına səbəb olur. Şiş supressor genlərinin inaktivasiyasına səbəb olan kiçik variantlara cəfəng mutasiyalar, çərçivə dəyişikliyi mutasiyaları və əsas birləşən yer mutasiyaları, həmçinin daha az tez-tez başlanğıc kodon silinməsi, kodon silinməsinin dayandırılması və geniş spektrli intron daxiletmə/delesiya mutasiyaları daxildir. Bundan əlavə, missens mutasiyalar və kiçik intron daxiletmə/delesiya mutasiyaları da mühüm funksional sahələrə təsir edərkən şiş supressor gen aktivliyinin itirilməsinə səbəb ola bilər. Şiş supressor gen fəaliyyətinin itirilməsinə səbəb olan struktur variantlara qismən və ya tam genin silinməsi və genin oxunması çərçivəsinin məhvinə səbəb olan digər genomik variantlar daxildir. Onkogenlərin gücləndirilmiş funksiyasına gətirib çıxaran kiçik variantlara, vacib zülal funksional sahələrini hədəf alan yanlış mutasiyalar və təsadüfi intron daxiletmələri/delesiyaları daxildir. Nadir hallarda zülalın kəsilməsi və ya birləşən yerin mutasiyaları onkogenlərin aktivləşməsinə səbəb ola bilər. Onkogenin aktivləşməsinə səbəb olan struktur dəyişikliklərinə gen füzyonu, genin silinməsi və genlərin dublikasiyası daxildir.
Genomik variasiyanın klinik təfsiri müəyyən edilmiş mutasiyaların klinik əhəmiyyətini, yəni onların potensial diaqnostik, proqnostik və ya müalicəvi əhəmiyyətini qiymətləndirir. Genomik variasiyanın klinik təfsirinə rəhbərlik etmək üçün istifadə edilə bilən bir neçə sübuta əsaslanan qiymətləndirmə sistemi mövcuddur.
Memorial Sloan-Kettering Xərçəng Mərkəzinin Həssas Tibb Onkologiyası Məlumat Bazası (OncoKB) gen variantlarını onların dərman istifadəsi üçün proqnozlaşdırıcı dəyərinə əsasən dörd səviyyəyə təsnif edir: Səviyyə 1/2, FDA tərəfindən təsdiqlənmiş və ya təsdiq edilmiş dərmana xüsusi göstərişin reaksiyasını proqnozlaşdıran kliniki standart biomarkerlər; Səviyyə 3, FDA tərəfindən təsdiqlənmiş və ya təsdiqlənməmiş biomarkerlər klinik sınaqlarda vəd vermiş yeni hədəflənmiş dərmanlara cavabı proqnozlaşdırır və 4-cü səviyyə, klinik sınaqlarda inandırıcı bioloji sübutlar göstərən yeni hədəflənmiş dərmanlara cavabı proqnozlaşdıran qeyri-FDA tərəfindən təsdiqlənmiş biomarkerlər. Müalicə müqaviməti ilə əlaqəli beşinci alt qrup əlavə edildi.
Amerika Molekulyar Patologiya Cəmiyyəti (AMP)/Amerika Klinik Onkologiya Cəmiyyəti (ASCO)/Amerika Patoloqlar Kolleci (CAP) somatik variasiyanın təfsirinə dair təlimatlar somatik variasiyanı dörd kateqoriyaya ayırır: I dərəcəli, güclü klinik əhəmiyyətə malik; Potensial klinik əhəmiyyəti olan II dərəcə; III dərəcə, klinik əhəmiyyəti məlum deyil; IV dərəcə, kliniki əhəmiyyəti məlum deyil. Müalicə qərarları üçün yalnız I və II dərəcə variantları dəyərlidir.
ESMO-nun Molekulyar Hədəf Klinik Əməliyyat Ölçüsü (ESCAT) gen variantlarını altı səviyyəyə təsnif edir: Səviyyə I, gündəlik istifadə üçün uyğun hədəflər; Faza II, hələ də öyrənilməkdə olan bir hədəf, hədəf dərmandan faydalana biləcək xəstə populyasiyasını yoxlamaq üçün istifadə ediləcək, lakin onu dəstəkləmək üçün daha çox məlumat lazımdır. III dərəcə, digər xərçəng növlərində klinik fayda nümayiş etdirən hədəflənmiş gen variantları; IV dərəcə, yalnız preklinik sübutlarla dəstəklənən hədəflənmiş gen variantları; V dərəcədə mutasiyanın hədəflənməsinin klinik əhəmiyyətini dəstəkləyən sübutlar var, lakin hədəfə qarşı tək dərman müalicəsi sağalmanı uzatmır və ya kombinasiyalı müalicə strategiyası qəbul edilə bilər; X dərəcəsi, klinik dəyərinin olmaması.